sábado, 26 de mayo de 2012

10.4 PRUEBA DE PCR EN EL DIAGNOSTICO DE ENFERMEDADES


10.4 PRUEBA DE PCR EN EL DIAGNOSTICO DE ENFERMEDADES

El diagnóstico de muchas enfermedades hereditarias necesita una confirmación a nivel molecular del defecto genético que presenta el paciente. Una vez detectada la mutación y confirmado el diagnóstico clínico, podemos determinar cuál es el efecto de dicha mutación en la proteína codificada (cambio de conformación, alteración o pérdida de función, localización errónea, disminución en su expresión, etc.), y así poder abrir puertas a nuevas terapias dirigidas al defecto específico. En esta revisión, primero consideraremos algunos conceptos básicos de genética molecular, incluyendo estructura y expresión del gen, intrones y exones, códigos genéticos, transcripción, traducción, procesamiento del RNA y mutaciones y sus tipos. También explicaremos algunos métodos para extraer DNA y RNA de sangre u otros tejidos del paciente. A continuación discutiremos los métodos que se emplean para detectar mutaciones en genes asociados a enfermedades hereditarias. El principio en el que se basa un ensayo de detección de mutaciones es que la secuencia de nucleótidos del gen de un individuo afecto será distinta de la secuencia de un individuo con fenotipo normal. Además, describiremos dos métodos para analizar el efecto de algunas mutaciones en la maduración del pre-mRNA (RT-PCR a partir de RNA de sangre y análisis de minigenes). Por último, mencionaremos algunos métodos informáticos que sirven para determinar si las mutaciones detectadas son patológicas o no, y para predecir el efecto de mutaciones en la maduración del pre-mRNA.


  
 
Los análisis genéticos se diferencian de los análisis clínicos habituales en que sus resultados son invariables en el tiempo, y por ello se realizan tan sólo una vez. Permiten predecir el riesgo de padecer enfermedades genéticas y en ocasiones estos resultados son de gran valor para establecer consejos genéticos a familiares y parientes del afectado.  Los diagnósticos genéticos son de enorme potencial médico ya que se pueden realizar en el feto en gestación o en embriones producidos tras la fecundación “in vitro”, previa a la implantación en el útero materno. De esta manera se analiza la presencia de alteraciones cromosómicas y genéticas en embriones de manera muy rápida. El diagnóstico de patologías de origen genético, tiene un futuro muy prometedor y sus posibilidades son enormes ya que se conocen más de 1.500 trastornos originados por mutaciones en un único gen y la secuencia del genoma humano desvelará los genes implicados en enfermedades multifactoriales, como el cáncer.


Diagnóstico Molecular de Enfermedades Genéticas



Diagnóstico Molecular de Enfermedades Virales



Diagnóstico Molecular de Alteraciones Cromosómicas



 
Los nuevos avances tecnológicos han favorecido el desarrollo del diagnóstico sobre alteraciones genéticas prenatales, permitiendo un diagnóstico certero sobre riesgos de anomalías cromosómicas en el feto.

A modo orientativo, alrededor de un 6% de los recién nacidos presenta algún tipo de anomalía congénita. Entre éstas, las alteraciones cromosómicas son las responsables de alrededor de un 2,5% de la mortalidad infantil. La amniocentesis, extracción de una muestra de líquido amniótico en la semana 14-16 de gestación, es la técnica más extendida y a medida que se va reduciendo el riesgo de aborto asociado a amniocentesis (menos del 1%), una creciente batería de pruebas genéticas se van incorporando como herramientas de gran valor diagnóstico precoz para un elevado porcentaje de anomalías cromosómicas.

Hasta fecha reciente estas pruebas eran ofrecidas por el ginecólogo en determinadas circunstancias: edad materna avanzada, anomalías ecográficas, antecedentes familiares, hijos anteriores con anomalías genéticas, abortos recurrentes, triple screening alterado o exposición a ciertos teratógenos. Sin embargo, y debido fundamentalmente a la reducción del riesgo de aborto asociado con la amniocentesis, cada día son más numerosos los especialistas que recomiendan incluir la realización de las pruebas de diagnóstico prenatal en el conjunto de pruebas que se realizan de rutina durante el desarrollo del embarazo, aunque no concurra ninguna de las circunstancias anteriores.


Estas pruebas genéticas son de valioso complemento a las ecografías del primer trimestre (12-14 semanas) segundo trimestre (19-21 semanas) y del tercer trimestre (32-34 semanas), así como a la ecocardiografía fetal que permite el diagnóstico intraútero de las alteraciones del corazón y de los grandes vasos.

En el laboratorio de genética, la batería de pruebas genéticas disponibles son:

1.- CARIOTIPO EN LÍQUIDO AMNIÓTICO

Permite descartar anomalías cromosómicas en células fetales procedentes de líquido amniótico. El tiempo de respuesta para resultados es de 18-20 días.

2.- PCR CUANTITATIVA FLUORESCENTE (QF-PCR)

 En tan sólo 48 horas permite estudiar las aneuploidías más frecuentes (cromosomas 13, 18, 21, x e y). Nos permite discriminar entre embriones normales y embriones que tienen alteración en el número cromosómico.

3.- CORDOCENTESIS

Cariotipo procedente de sangre fetal. Indicada cuando no se obtengan resultados concluyentes por amniocentesis o cuando además se quieran obtener otros datos importantes de la sangre fetal (anticuerpos...).

4.- CARIOTIPO EN RESTOS ABORTIVOS

Permite determinar la posible causa de aborto mediante cariotipaje de restos abortivos.

5.- MLPA

Permite identificar alteraciones cromosómicas asociadas al retraso mental y los síndromes polimalformativos más frecuentes.



 
En los últimos años se ha producido un considerable aumento de la proporción de individuos de la población que tienen problemas de infertilidad o esterilidad. Existen varios factores determinantes, como son la edad, así como la frecuencia de anomalías cromosómicas halladas en la población de infértiles, que se ha visto que está significativamente aumentada respecto al resto de la población. Es indispensable conocer las causas para posteriormente elegir la técnica reproductiva más adecuada.



  • INFERTILIDAD MASCULINA

Los grandes avances en cirugía y las técnicas de reproducción asistida permiten aplicar tratamientos exitosos en casos de infertilidad masculina. Sin embargo por cada uno de estos éxitos se aumenta el riesgo de aparición de anomalías genéticas en su descendencia. En nuestro laboratorio aplicamos diferentes técnicas analíticas para el diagnóstico de numerosas alteraciones genéticas relacionadas con la infertilidad masculina. 

1.- CARIOTIPO EN SANGRE PERIFÉRICA
 
a)    El síndrome de Klinefelter (47, XXY) lo padecen aproximadamente la tercera parte de los hombres con una producción espermática baja o ausente. Éste puede presentarse en mosaicismo, siendo asintomático hasta que aparecen los problemas de infertilidad.
b)    Otro de los síndromes que presentan azoospermia u oligospermia severa es el denominado XYY.
c)    Se calcula que en el 5% de las parejas con 2 ó más pérdidas fetales tempranas uno de los miembros de la pareja tiene una translocación balanceada en alguno de sus cromosomas. Las personas con este tipo de translocaciones son asintomáticas, pero tienen un alto riesgo de transmitir una anomalía cromosómica a su descendencia.
d)    Disgenesia gonadal: en el estudio del cariotipo encontramos dos líneas celulares 45, X/46, XY; el 16% de los casos presentan un fenotipo masculino normal.

e)    Varones XX: estos individuos si bien presentan cariotipo 46, XX tienen fenotipo masculino. El gen SRY (implicado en la diferenciación testicular) está presente pero se han perdido las regiones funcionales asociadas con el factor de azoospermia (AZF).

2.- MICRODELECCIONES DEL CROMOSOMA Y
 
La prevalencia calculada de estas microdeleciones es de un 8,2% en hombres infértiles y aumenta hasta un 14,3% en oligozoospérmicos. Se ha sugerido que los defectos en la producción espermática asociados a microdeleciones pueden progresar a lo largo del tiempo, lo que aconseja medidas preventivas como la crioconservación de gametos.

3.- FIBROSIS QUÍSTICA
 
Aproximadamente el 5% de los varones infértiles poseen obstrucción epididimaria, idiopática o agenesia de los conductos deferentes. De ellos el 75% tiene alguna de las mutaciones conocidas de la fibrosis quística (FQ). La FQ es una enfermedad crónica y hereditaria que afecta principalmente a los pulmones y sistema digestivo. Un diagnóstico precoz puede mejorar la calidad de vida y prolongar la esperanza de estos pacientes. Es indispensable el estudio de la pareja debido a la alta frecuencia de portadores para esta enfermedad en la población general (1/20). El 80% de los casos de fibrosis quística no presenta antecedentes familiares.
 


  • INFERTILIDAD FEMENINA

En CircaGen aplicamos diferentes técnicas analíticas para el diagnóstico de numerosas alteraciones genéticas relacionadas con la infertilidad femenina. 

1.- CARIOTIPO EN SANGRE PERIFÉRICA
 
  1. Existen síndromes cromosómicos que cursan sin síntomas aparentes cuando se encuentran en mosaicismo. Esta condición deriva en la falta de diagnóstico hasta que la mujer recurre a su ginecólogo por problemas de infertilidad. Ejemplos de estos casos son el síndrome de Turner (45, X0) o el síndrome de la triple X (47, XXX). Es importante detectarlos, ya que están asociados a un alto riesgo de tener hijos con anomalías cromosómicas.
  2. Se calcula que en el 5% de las parejas con 2 ó más pérdidas fetales tempranas uno de los miembros de la pareja tiene una translocación balanceada en alguno de sus cromosomas. Las personas con este tipo de translocaciones son asintomáticas, pero tienen un alto riesgo de transmitir una anomalía cromosómica a su descendencia.
2.- TROMBOFILIA HEREDITARIA
 
  1. Las trombofilias se relacionan con anomalías constitucionales y/o adquiridas de la coagulación sanguínea con riesgo de trombosis. La gestación provoca un estado de hipercoagulación fisiológica transitorio que agrava la situación. El estudio se basa en la detección de las mutaciones de algunos genes implicados en la cascada de coagulación sanguínea:
Factor II (protrombina)
Factor V de Leiden (causante del fenómeno de la “resistencia a la proteína C activada”).
Metiléntetrahidrofolato reductasa (MTHFR) cuya mutación produce hiperhomocisteinemia.

  1. La conjugación de ambos factores (embarazo y alguna de las mutaciones anteriormente citadas) aumenta considerablemente el riesgo de padecer preeclampsia, desprendimiento prematuro de placenta, muerte fetal y retraso en el crecimiento intrauterino. Estas alteraciones pueden presentarse sin haber tenido ningún tipo de síntoma anterior y afectan al segundo y tercer trimestre del embarazo. 


  • ESTUDIO DE DONANTES

En el Grupo CircaGen somos conscientes de la demanda cada vez mayor de donaciones gaméticas, por lo que hemos diseñado un conjunto de pruebas especiales para el estudio y genotipado de los donantes. 

1.- Como primera opción ofrecemos el estudio citogenético en sangre periférica. Es una prueba fiable y económica que permite descartar la mayor parte de las anomalías cromosómicas presentes en la población infértil. El hecho de ser un laboratorio especializado en infertilidad nos permite reducir considerablemente el tiempo de entrega de resultados presentándolos en una media de 8 días.

2.- Nuestra segunda opción es el tipaje genético de los donantes. Ofrecemos la posibilidad de tipar donantes seleccionados para la obtención de una remesa gamética libre de determinadas anomalías genéticas. Como ejemplo podemos destacar el estudio de las mutaciones más frecuentes de la fibrosis quística, la enfermedad genética más abundante en la raza blanca (frecuencia de portadores de 1/20), lo que permite garantizar que el donante seleccionado no es portador de ninguna de ellas.





1.- FIBROSIS QUÍSTICA

Estudio mediante PCR e hibridación reversa de la presencia en el gen CFTR de las 12 mutaciones más frecuentes de la Fibrosis Quística conjuntamente con la variante alélica 5T responsable de la ausencia congénita de los conductos deferentes.

2.- PROTROMBINA (FACTOR II)

Estudio mediante PCR de la mutación G20210A del gen de la Protrombina (Factor II) relacionada con la trombofilia hereditaria.

3.- FACTOR V LEIDEN

Estudio mediante PCR de la mutación G16961A del gen del Factor V (Factor V Leiden) causante de la resistencia a la proteína C activada relacionada con la trombofilia hereditaria.

4.- METILÉNTETRAHIDROFOLATOREDUCTASA (MTHFR)

Estudio mediante PCR de la mutación C677T del gen de la Metiléntetrahidrofolato Reductasa (MTHFR) causante de hiperhomocisteinemia asociada con la trombofilia hereditaria.

5.- PERFIL TROMBOEMBÓLICO (FACTOR II, FACTOR V Y MTHFR) 

Estudio conjunto mediante PCR de la mutación G20210A del gen de la Protrombina (Factor II), de la mutación G16961A del gen del Factor V (Factor V Leiden) y de la mutación C677T del gen de la Metiléntetrahidrofolato Reductasa (MTHFR).

6.- HEMOCROMATOSIS HEREDITARIA

Estudio mediante PCR de las mutaciones H63D y C282Y del gen HFE relacionadas con la hemocromatosis hereditaria.

7.- SÍNDROME DEL CROMOSOMA X-FRÁGIL

Estudio mediante PCR y electroforesis capilar en un secuenciador de ADN de la zona repetitiva (CGG)n del gen FMR-1 responsable del síndrome del cromosoma X-Frágil.

8.- ALZHEIMER TARDÍO

Estudio mediante PCR de los polimorfismos del gen ApoE relacionados con la predisposición al desarrollo de la variante tardía de la enfermedad de Alzheimer.

9.- ALZHEIMER TEMPRANO

Estudio mediante PCR de la mutación V717I del gen APP y del polimorfismo intrónico S182  del gen PS1 relacionados con la predisposición al desarrollo de la variante temprana de la enfermedad de Alzheimer.
Genotipado PI.

10.- ENZIMA CONVERTIDORA DE LA ANGIOTENSINA

Estudio de polimorfismo I/D ACE.

11.- INHIBIDOR DEL ACTIVADOR DE PLASMINÓGENO

Estudio de polimorfismos 675 4G/5G y A844G PAI-1.

12.- ENFERMEDAD CELÍACA

Genotipado HLA-DQ / DR.

13.- ENFERMEDAD PERIODONTAL (SUSCEPTIBILIDAD GENÉTICA)

Genotipado IL-1A, IL-1B y HLA-DR4.

14.- INTOLERANCIA A LA LACTOSA

Estudio de T13910C y A22018G LTC.

15.- ALFA1-ANTITRIPSINA

Estudio mediante PCR de la mutación V717I del gen APP y del polimorfismo intrónico S182 del gen PS1 relacionados con la predisposición al desarrollo de la variante temprana de la enfermedad de Alzheimer.

16.- HIPERCOLESTERINEMIA FAMILIAR (APO B)

C9774T y G9775A ApoB.

17.- ATROFIA MUSCULAR ESPINAL (SMA1 Y SMA2)

Delección exones 7 y 8 SMN1.

18.- CRANIOSINOSTOSIS NO SINDRÓMICA

P250R FGFR3.

19.- DISPLASIA TANATOFÓRICA (TIPOS 1 Y 2)

R248C y K650E FRFR3.

20.- DISTONÍA DE TORSIÓN TEMPRANA (DYT1)

Del (GAG) TOR1A.

21.- HIPOACONDROPLASIA

N540K FGFR3.

22.- SÍNDROME DE APERT

S252W FGFR2.

23.- SÍNDROME DE CROUZON

C342Y y C342R FGFR2.

24.- SÍNDROME DE PFEIFFER

S252F FGFR2.

25.- ATROFIA ÓPTICA DE LEBER

G11778A mtDNA.

26.- CADASIL

R110C y C535T NOTCH3.

27.- ENFERMEDAD DE HUNTINGTON

Expansión HD.

28.- 46, XX TESTICULAR DSD (DISORDER OF SEX DEVELOPMENT)

SRY.

29.- HEPATITIS VIRUS HBV

Detección.


30.- HEPATITIS VIRUS HBV

Cuantificación carga viral.

31.- HEPATITIS VIRUS HCV

Detección.

32.- HEPATITIS VIRUS HCV

Cuantificación carga viral.

33.- MICROSPORIDIASIS

Detección.

34.- PATÓGENOS EN PERIODONTITIS

Detección e identificación.

35.- TOXOPLASMA GONDII

Detección.

36.- CANDIDA

Detección.

37.- ESTUDIO MUTACIONAL DIRIGIDO

Cualquier locus.

38.- CÁNCER HEREDITARIO DE MAMA Y OVARIO (BRCA1 Y BRCA2)

Screening de mutaciones más frecuentes.

Secuenciación BRCA1 y BRCA2.

Secuenciación BRCA1.

Secuenciación BRCA2.

39.- CÁNCER HEREDITARIO COLORRECTAL NO POLIPÓSICO (HNPCC)
MPLA.

Secuenciación MLH1 y MSH2.

Secuenciación MLH1.

Secuenciación MSH2.

Secuenciación MSH6.

40.- POLIPOSIS ADENOMATOSA FAMILIAR (APC)

Secuenciación APC.

41.- INESTABILIDAD DE MICROSATÉLITES (IMS)

Mutaciones de genes de reparación de ADN.




1.- DNA PAPILOMAVIRUS (DETECCIÓN Y TIPADO)

Estudio mediante PCR y enzimas de restricción para la detección y tipado de 47 VPHs.






1.- PRUEBAS DE PATERNIDAD A PARTIR DE LÍQUIDO AMNIÓTICO

Prenatalmente la prueba de paternidad puede ser realizada a partir de una muestra de 3 ml de líquido amniótico obtenida mediante amniocentesis de la futura madre. En este caso es imprescindible obtener una muestra de la mucosa bucal o sangre de la madre además de la del presunto padre biológico analizado. Si el centro ginecológico lo considera, tanto la amniocentesis como la toma de muestras de los solicitantes puede ser realizada en presencia de personal de nuestro laboratorio que actuará como testigo, certificando la procedencia de todas las muestras biológicas analizadas, quedando así el centro ginecológico exento de toda responsabilidad jurídica. Posteriormente todas las muestras biológicas serán custodiadas por nuestro personal hasta su recepción en nuestro laboratorio. 

Esto es válido para Madrid y provincia. Para otras poblaciones consultar al teléfono 91 426 11 44.  La amniocentesis, realizada de manera habitual por los ginecólogos para el seguimiento del embarazo en el segundo trimestre del mismo, entre la semana 14 y la semana 20 de gestación, tiene pocas contraindicaciones, pero la mujer embarazada debe saber que existe entre un 0.5 y 1% de riesgo de aborto. La amniocentesis se realiza sin la hospitalización de la paciente, extrayéndose, mediante visualización por ultrasonidos, entre 15 y 20 ml de líquido amniótico, suficiente para realizar los análisis genéticos habituales.

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